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二、 对片段进行注释
1.给编码序列命名：
点击其中一个箭头，按Feature→Add Translated Feature，弹出以下窗口：
Feature：给该片段命名。
Type：选择该片段的类型，右侧箭头代表阅读方向。
Color：选择颜色。
2. 给非编码序列命名：如多克隆位点。先找到质粒图谱中的多克隆位点的第一个酶切位点和最后一个酶切位点。点击左侧sequence，找到两个酶切位点之间的序列。
3. 给质粒图谱增加引物序列：按Edit→Find，输入引物序列，找到质粒序列对应位置，点击Primers→Addprimer，弹出该界面：
按上下游引物选择TopStrand还是BottomStrand，在Primer处可给该引物命名，随后即可显示该引物在图谱Map中的位置。
三、 创建新DNA文件
1. 打开SnapGene，点击New DNA File，弹出以下窗口：
在Create the following sequence窗口下输入DNA序列，并对该文件命名，点击OK。或是点击Import from Genebank，输入NCBI中某序列的access number，点击OK。
2．此时弹出如下窗口：
3.对该序列进行注释：点击Features→Add Feature，对该序列进行命名注释。
△创建质粒图谱文件方法相同。
四、处理序列翻译信息
1.创建一个DNA序列文件，点击
2.显示如下箭头：
黄色箭头代表的是上面一条链编码序列，绿色箭头代表的是下面一条链编码序列。
3.点击Sequence，点击
右侧箭头，选择All 6 Frames，可得到编码序列的所有情况，其中代表的是终止密码子。
4.添加内含子：根据内含子的位置，点击Edit→Select Range，输入内含子碱基位置。点击Features→Delete Feature Segment，得到如下图：
紫色粗带为外显子，虚线为内含子部分。
五、引物、PCR和突变绘制
1.PCR引物绘制：在多克隆位点处找到合适的两个酶切位点。如BamHI和XbaI，在目的基因两侧截取15-30bp序列，点击Primers→Addprimers，选择top strand或bottom strand，如图：
给该引物命名，然后点击Insertion，在该引物上添加之前选择好的酶切位点序列，如图选择了BamHI，点解Insert：
然后在该序列5端上添加数个碱基作为保护碱基。点击完成。
△下游引物设计相同，不再赘述。
2.突变引物绘制：在目的基因上截取一小段包含要突变位点的序列，点击Primers→Add primers，为该引物命名，在5’序列突变位点的三个碱基画黑，如图：
点击Insertions，选择突变成的氨基酸，点击Insert。即可获得该突变引物，点击Reverse Complement，可获得反向引物。
六、模拟标准限制性克隆
1.打开被插入片段的质粒图谱，选择合适的两个酶切位点，如HindIII和ApaI，如图：
点击Actions→Insert Fragment，点击HindIII+键盘Shift键+Apa，点击Insert，在source of fragment处选择插入的目的片段来源。点击上述同样的酶，给该重组质粒命名，点击clone。
七、 模拟融合克隆
1. 打开一个需要插入片段质粒图谱，点击Actions→Insert One Fragments，弹出以下窗口：
2. 点击sequence，找到想要发生替换的位点。
3. 点击Fragment，在Source of Fragment处选择替换片段的另外一个质粒图谱。此时弹出另外一个质粒图谱图样。
4. 点击用于替换的片段，观察该片段阅读方向与被替换质粒位点的方向是否一致，如不一致，点击更换方向。
5. 选择后，点击Product，点击Choose Overlapping PCR Primers，此时即形成融合后的质粒图谱。
6.若想获得引物的序列，点击Primers→Export Selected Primers，选择保存。
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